Le mammouth, disparu il y a environ quatre mille ans, continue de révéler ses mystères aux chercheurs. Au-delà de l’examen des restes fossilisés et de l’analyse dentaire, les scientifiques explorent une nouvelle piste : l’identification des microbes qui cohabitaient avec ce géant préhistorique. Benjamin Guinet et son équipe du Centre de paléogénétique de Stockholm ont entrepris une investigation minutieuse des traces microbiennes laissées dans les anciennes dépouilles.
L’équipe de recherche a examiné quatre cent quatre-vingt-trois spécimens provenant de dents, de crânes et de tissus prélevés sur des mammouths s’étendant sur plus d’un million d’années. Parmi ces échantillons, quatre cent quarante ont été nouvellement analysés en laboratoire, incluant des restes d’un mammouth des steppes extraordinairement ancien. Cette approche couvre une vaste zone géographique et une immense période temporelle, permettant de tracer l’évolution des écosystèmes microbiens associés à l’espèce.
La tâche s’avérait extrêmement complexe. Après la mort d’un animal, divers microorganismes envahissent rapidement les tissus : bactéries du sol, agents de décomposition et contaminations externes survenues lors de la fouille ou de la manipulation laboratoire. Distinguer le microbiome original des contaminations requiert une méthodologie rigoureuse. Les chercheurs ont comparé les séquences microbiennes avec les prélèvements environnementaux du site et du laboratoire pour isoler les véritables associations anciennes.
L’analyse a identifié plusieurs groupes microbiens dominants associés aux mammouths. Les bactéries du genre Actinobacillus prédominaient, notamment dans les dents, où la structure poreuse préserve mieux l’ADN. Une découverte remarquable concerne le génome partiel du genre Erysipelothrix trouvé chez le mammouth des steppes, représentant l’association hôte-bactérie la plus ancienne documentée. L’équipe a également détecté des souches liées à une bactérie ayant provoqué une infection fatale chez des éléphants africains en deux mille vingt.
Les spécimens présentaient également des microbes oraux courants comme Streptococcus, présents chez de nombreux animaux modernes. Ces micro-organismes pouvaient provoque des infections dentaires ou favoriser la santé bucco-dentaire. Cependant, les quantités insuffisantes d’ADN microbien empêchent de conclure définitivement sur la responsabilité de ces pathogènes dans les décès individuels. Les chercheurs supposent que ces microbes agissaient comme opportunistes, causant potentiellement des maladies ou contribuant à la digestion et à la santé générale du mammouths.
La question demeure ouverte : les épidémies microbiennes ont-elles accéléré l’extinction de l’espèce en conjonction avec le changement climatique et la chasse humaine ? Les données actuelles ne permettent pas de répondre avec certitude à cette interrogation fondamentale.
